Pour supprimer une entité, il faut commencer par la charger, puis, si le contenu existe, lui appliquer la méthode delete().

Pour rappel, on utilise la méthode getStorage('identifiant_type_entité') pour obtenir une classe de stockage d'entité. Ensuite on utilise une méthode de chargement comme load ou loadmultiple (voir l'article "charger une entité")

Dans l'exemple ci-dessous, on charge le noeud 1 avant de le supprimer :

$entity = \Drupal::entityTypeManager()->getStorage('node')->load(1);
if (!is_null($entity)) $entity->delete();